长沙市妇幼保健院（长沙市妇幼保健计划生育服务中心）：外送检测服务采购项目（标段三）采购需求公开

参数性质

序号

技术参数与性能指标

WES极速周期

1

1、探针及捕获要求

▲1.1 捕获建库试剂盒能够覆盖人类基因组约25000个基因，捕获区域大小≥60M（需提供证明材料）。

▲1.2 探针设计区域：OMIM具有明确分子机制的基因、ClinGen专家组评定的基因、调节元件明确致病区域、内含子明确致病区域、线粒体基因组全序列共16569bp，RefGene中RNA区域；（需提供证明材料）。

2、 样本及建库需求

▲2.1样本量：全外显子组检测可对低至50ngDNA的样本进行建库及测序（需提供证明材料）。

2.2样本类型：

①投标人具备处理外周血、口腔拭子、组织、微量新生儿干血片、羊水、脐带血样本等特殊样本的实验能力；

▲②新生儿干血片样本要求总量≤3个干血点，并具备直接进行外显子组检测的能力。

▲③对其它样品如足跟血（干血斑）等均可提取建库，并可针对100Kb以上CNVs、3个及以上外显子CNV进行WES calling CNV检测。

▲2.3建库方法：采用PCR-free方法建库。（需提供证明材料）。

2.4 捕获环节：采用1捕1的杂交体系。

2.5 探针捕获效率：≥60%。

3、 质控要求

3.1要求测序质控需满足人全外显子测序临床项目开展相关要求，测序数据量每个样本至少8G。

3.2全外显子组测序数据质量Q20>90%，Q30>85%；碱基类型分布均匀，无GC分离。

3.3平均覆盖度99.5%以上，4×覆盖度≥98%，20X覆盖度＞97.5%。

3.4有效数据需覆盖CDS区以及临床参考数据库中有明确致病性的非编码区（内含子及UTR等区域）变异位点，分析变异类型包括SNV、Indel（50bp）、外显子级别CNV、>100kb 大片段CNV、LOH（家系UPD）。

3.5投标人在家系分析过程中可进行亲缘关系分析、性别质控。

4、数据分析需求

4.1参考基因组版本：具备Hg19和Hg38两个参考基因组版本生信分析流程。

▲4.2 WES calling CNV分析流程对于>100Kb以上的pCNVs，与CNV-seq检测一致性≥98%，提供数据证明文件或产品彩页。

4.3分析数据库包括人群数据库1000genomes、ExAC、gnomAD；疾病数据库：OMIM、ClinVar、HGMD（专业版）；使用多种剪切预测软件，其中必须包括SpliceAI、dbscSNV、MaxEntScan等；错义突变危害预测软件：CADD、dann、SIFT、Polyphen2、MetaSVM、MetaLR、M-CAP、REVEL等，需提供分析解读文件等证明材料。

▲4.4具备百万中国人群基因组大数据库作为注释解读的支撑，需提供证明材料。

4.5分析要求：采用表型驱动及基因型驱动两种模式同时进行。

4.6报告周期：收到合格样本后，9个工作日内。

投标价格：最高限价：6500元/例，按实结算。

三代测序动态突变基因检测

2

1.检测范围：

▲（1）一次性覆盖≥68种疾病、≥63个基因，疾病包括≥20种脊髓小脑性共济失调（SCA）亚型、≥ 8种癫痫相关的动态突变疾病检测、≥12种神经肌肉疾病、≥8种发育障碍疾病，如脆性X综合征、亨廷顿病、肯尼迪病、脊髓小脑共济失调等。（需提供证明材料）

（2）准确检测各类动态突变类型及数目，如高GC重复、短串联重复（STR）、可变串联重复（VNTR）等。

（3）可准确识别打断序列的位置与数目。

2.报告周期：收到合格样本后，25个工作日内。

3.样本类型：具备处理外周血、DNA的能力，外周血≥2mL；DNA ≥10ug，主带＞20kb；

4.DNA提取、建库：

（1）构建单分子哑铃状文库。

▲（2）采用PCR-free方法建库.

（3）采用1捕1的杂交体系。

5.测序平台要求：

（1）具有循环一致性测序（CCS）和连续长读长测序（CLR）两种测序模式。

6.测序质量要求：

▲（1）测序质量：循环一致性测序（CCS）模式产生的HiFi数据，在40×的测序深度下，碱基准确度可以达到QV50（99.99%）（需提供证明文件）。

（2）基因组覆盖：没有基于GC内容的偏差，可以对其他技术无法访问的区域进行排序。通过SMRT测序，可针对富AT或富GC区域、高度重复的序列、长均聚物和回文序列轻松进行测序。可精确读取≥8个的连续单个重复碱基。

（3）随机错误率：10X以上的深度就能达到99.9%的正确率。

▲（4）插入片段大小：下机数据插入片段长度集中在5-10kb。（需提供证明材料）

（5）原始数据：三代测序bam文件，保存周期3个月。

投标价格：最高限价：2250元/例，按实结算。

参数性质

序号

技术参数与性能指标

WES极速周期

1

1、探针及捕获要求

▲1.1 捕获建库试剂盒能够覆盖人类基因组约25000个基因，捕获区域大小≥60M（需提供证明材料）。

▲1.2 探针设计区域：OMIM具有明确分子机制的基因、ClinGen专家组评定的基因、调节元件明确致病区域、内含子明确致病区域、线粒体基因组全序列共16569bp，RefGene中RNA区域；（需提供证明材料）。

2、 样本及建库需求

▲2.1样本量：全外显子组检测可对低至50ngDNA的样本进行建库及测序（需提供证明材料）。

2.2样本类型：

①投标人具备处理外周血、口腔拭子、组织、微量新生儿干血片、羊水、脐带血样本等特殊样本的实验能力；

▲②新生儿干血片样本要求总量≤3个干血点，并具备直接进行外显子组检测的能力。

▲③对其它样品如足跟血（干血斑）等均可提取建库，并可针对100Kb以上CNVs、3个及以上外显子CNV进行WES calling CNV检测。

▲2.3建库方法：采用PCR-free方法建库。（需提供证明材料）。

2.4 捕获环节：采用1捕1的杂交体系。

2.5 探针捕获效率：≥60%。

3、 质控要求

3.1要求测序质控需满足人全外显子测序临床项目开展相关要求，测序数据量每个样本至少8G。

3.2全外显子组测序数据质量Q20>90%，Q30>85%；碱基类型分布均匀，无GC分离。

3.3平均覆盖度99.5%以上，4×覆盖度≥98%，20X覆盖度＞97.5%。

3.4有效数据需覆盖CDS区以及临床参考数据库中有明确致病性的非编码区（内含子及UTR等区域）变异位点，分析变异类型包括SNV、Indel（50bp）、外显子级别CNV、>100kb 大片段CNV、LOH（家系UPD）。

3.5投标人在家系分析过程中可进行亲缘关系分析、性别质控。

4、数据分析需求

4.1参考基因组版本：具备Hg19和Hg38两个参考基因组版本生信分析流程。

▲4.2 WES calling CNV分析流程对于>100Kb以上的pCNVs，与CNV-seq检测一致性≥98%，提供数据证明文件或产品彩页。

4.3分析数据库包括人群数据库1000genomes、ExAC、gnomAD；疾病数据库：OMIM、ClinVar、HGMD（专业版）；使用多种剪切预测软件，其中必须包括SpliceAI、dbscSNV、MaxEntScan等；错义突变危害预测软件：CADD、dann、SIFT、Polyphen2、MetaSVM、MetaLR、M-CAP、REVEL等，需提供分析解读文件等证明材料。

▲4.4具备百万中国人群基因组大数据库作为注释解读的支撑，需提供证明材料。

4.5分析要求：采用表型驱动及基因型驱动两种模式同时进行。

4.6报告周期：收到合格样本后，9个工作日内。

投标价格：最高限价：6500元/例，按实结算。

三代测序动态突变基因检测

2

1.检测范围：

▲（1）一次性覆盖≥68种疾病、≥63个基因，疾病包括≥20种脊髓小脑性共济失调（SCA）亚型、≥ 8种癫痫相关的动态突变疾病检测、≥12种神经肌肉疾病、≥8种发育障碍疾病，如脆性X综合征、亨廷顿病、肯尼迪病、脊髓小脑共济失调等。（需提供证明材料）

（2）准确检测各类动态突变类型及数目，如高GC重复、短串联重复（STR）、可变串联重复（VNTR）等。

（3）可准确识别打断序列的位置与数目。

2.报告周期：收到合格样本后，25个工作日内。

3.样本类型：具备处理外周血、DNA的能力，外周血≥2mL；DNA ≥10ug，主带＞20kb；

4.DNA提取、建库：

（1）构建单分子哑铃状文库。

▲（2）采用PCR-free方法建库.

（3）采用1捕1的杂交体系。

5.测序平台要求：

（1）具有循环一致性测序（CCS）和连续长读长测序（CLR）两种测序模式。

6.测序质量要求：

▲（1）测序质量：循环一致性测序（CCS）模式产生的HiFi数据，在40×的测序深度下，碱基准确度可以达到QV50（99.99%）（需提供证明文件）。

（2）基因组覆盖：没有基于GC内容的偏差，可以对其他技术无法访问的区域进行排序。通过SMRT测序，可针对富AT或富GC区域、高度重复的序列、长均聚物和回文序列轻松进行测序。可精确读取≥8个的连续单个重复碱基。

（3）随机错误率：10X以上的深度就能达到99.9%的正确率。

▲（4）插入片段大小：下机数据插入片段长度集中在5-10kb。（需提供证明材料）

（5）原始数据：三代测序bam文件，保存周期3个月。

投标价格：最高限价：2250元/例，按实结算。